Inscrits dans un cadre arboré et verdoyant, l’église et le prieuré, aujourd’hui classés, sont les dépositaires d’un riche patrimoine. Orné de stucs et de lambris, le sanctuaire, reconstruit en 1701, abrite un mobilier religieux d’intérêt : maître-autel avec une « Extase de saint Augustin » de Théodore-Edmond Plumier, statues de Cornelis Van der Veken et Jacques Vivroux, orgue Le Picard de 1742, théothèque du XVIe siècle, orfèvrerie liturgique des XVIIe, XVIIIe et XIXe siècles aujourd’hui au Grand Curtius, etc.
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Les bâtiments du prieuré, dont la construction s’étale du XVe au milieu du XIXe siècle, possèdent encore une décoration intérieure ancienne : la grande salle munie d’un vaste plafond stuqué par Bovi (1733), tout comme le cabinet dit du prieur et un petit salon, la salle capitulaire lambrissée du milieu du XVIIIe siècle ornée de peintures bibliques que Pierre-Yves Kairis attribue à Jean-Baptiste Coclers. Enfin, l’imposant jardin-potager est agrémenté d’un élégant pavillon en briques dont le plafond présente un riche décor stuqué, probablement du début du XVIIIe siècle. Quant au triptyque Dutuit aux anges argentés, œuvre majeure de l’art mosan (vers 1180) provenant de Beaufays, il est aujourd’hui conservé au Petit Palais à Paris.
L’église. Elle a été construite en 1701 à l’emplacement d’un édifice antérieur. Le millésime se trouve inscrit sur la voûte au-dessus du maître-autel. L’édifice s’étend sur 44 m de long et 13 m de large. La façade nord est en briques avec chaînages de pierre calcaire aux angles et aux sept fenêtres, tandis que celle au sud est entièrement en pierre calcaire, tout comme la façade occidentale, percée d’un portail à pilastres toscans et fronton triangulaire. Celui-ci est surmonté d’une niche qui contient une statue de la Vierge, patronne originelle de l’église, aujourd’hui dédiée à l’apôtre préféré du Christ, Jean. À l’est de l’édifice s’élève, de manière légèrement désaxée vers le sud, une tour surmontée d’une élégante flèche bulbeuse, entièrement refaite par l’architecte Julien Koenig en 1950 après sa destruction en 1940. L’intérieur est constitué d’un seul volume de sept travées, chacune couverte d’une voûte quadripartite légèrement surbaissée.
Le prieuré. Sa partie la plus ancienne est certainement la tour carrée en moellons de grès de trois niveaux sous pavillon d’ardoises avec lanterne octogonale, peut-être médiévale, située au sud-est des bâtiments conventuels. Constituées de moellons de grès, les quatre premières travées de la partie sud de la façade orientale, côté parc, datent probablement du début du XVIIe siècle, comme semblent le confirmer une belle cheminée intérieure dont le montant gauche porte le millésime de 1630. De cette période date vraisemblablement aussi la courte façade méridionale, située dans l’alignement de la tour de l’église et en léger retrait par rapport à la tour sud-est, même si elle a été fortement remaniée au cours du temps. Par contre, la façade nord de l’aile méridionale de cinq travées, située côté cour à gauche de l’église, a quant à elle été reconstruite sous le priorat de Henri de Goha (1706-1732), comme en attestent les armoiries placées au-dessus de la porte d’entrée et une inscription. Côté cour, la lisibilité extérieure du prieuré est fortement perturbée par les constructions de la fin du XIXe siècle, lorsqu’il est passé aux mains de la famille Laloux, avec la création d’une galerie fermée de quatre travées et, dans le prolongement de celle-ci, d’un petit volume en fort ressaut chargé d’accueillir une cage d’escalier.
Le prieuré de Beaufays a fait l’objet d’une importante campagne de restauration intérieure lorsqu’il est entré dans le patrimoine de la famille Laloux à partir de 1890. Il n’est donc pas toujours aisé de distinguer ce qui est postérieur à cette date et antérieure à celle-ci. Les décors conservés montrent de beaux motifs, des cheminées, des lambris, des plafonds stuqués…
Le jardin-potager et son pavillon. L’entrée du jardin est actuellement marquée par un portail en briques et encadrements calcaires sous couverture d’ardoises. Ce portail date de 1742, comme l’indique le millésime inscrit sur la clé de voûte de l’arc calcaire en anse de panier. Il est très probable qu’à l’origine, il se trouvait près de la brasserie, à la place de la grille actuelle qui sépare la cour de la ferme de celle du prieuré proprement dit. Le jardin occupe une parcelle triangulaire entièrement emurée.
Le parc. À l’origine existaient, à l’est du prieuré, trois étangs dont ne subsistent aujourd’hui que le dernier. Actuellement, le parc se présente comme une vaste pelouse ponctuée çà et là d’arbres remarquables, tantôt isolés, tantôt groupés : chênes d’Amérique (Quercus rubra), cèdres de l’Atlas (Cedrus atlantica « Glauca »), un cyprès de Lawson (Chamaecyparis Lawsoniana), sans compter de nombreux êtres verts (Fagus sylvatica). Malheureusement, le séquoia (Sequoiadendron giganteum) qui avait été planté en 1890 a dû être coupé en 2022.